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权利人实际损失的计算：实践中权利人主张实际损失，主要依据自身的研发成本、减少的订单数量×平均利润等。直接依据技术秘密研发成本主张实际损失，一般难以得到支持。权利人实际损失，实际上是指权利人预期收益数额，即若无被告的侵权行为，原告本可获得的利润。如原告无证据证明其因被告侵权行为而失去的订单数量，一般可推定侵权行为人新增订单源自权利人因侵权行为失去的订单，权利人可依据侵权行为人订单数量和行业平均利润主张赔偿额。如果证据确凿可信，甚至可依据权利人的利润率确定。但对权利人的举证水平有较高要求，对于销售数量、价格、利润率等均须有比较明确、直接的证据。
这种计算方式存在有两个问题：一是减少的订单数量与市场需求直接相关，涉及的影响因素很多，有时订单不但没有减少，反而还有增加，也就是说权利人的收益增加了；二是平均利润，权利人主张的平均利润与侵权人获利中的平均利润，往往存在有很大差距。
侵权人侵权获利的计算：从司法实践看，证明实际损失难度较高，以侵权获利来确定赔偿数额相对容易，因侵权获利证据相对而言较易获得，如：侵权产品销售量×行业平均利润率。鉴于目前我国许多中小企业会计管理制度不完善，权利人要想获取相关的财务数据，困难很大。证明侵权获利还需要证明涉案商业秘密在企业经营获利中贡献率的相应证据。因侵权人的利润有多种来源，一般难以认定侵权人经营所获利润都来源于争议的商业秘密。
这种计算方式面临的问题：一是能否获取完整的侵权人会计管理数据，成为评估侵权人侵权获利的关键；二是侵权人获利来源与争议的商业秘密是否有直接关系。
法官的法定赔偿：由于举证的问题，当前多数商业秘密侵权案件运用法定赔偿方法确定赔偿数额，同时，在一定程度上导致赔偿数额偏低。司法实践中，如果权利人能够提供其实际损失，或被告侵权获利的证据，至少可以据此计算出销售额或利润总额等的基本数字，使后续的酌定有所依据，可以为法.院在法定限额赔偿中参考。在商业秘密刑.事保护中，需要对侵.犯商业秘密的侵权行为给权利人造成的经济损失，或者侵权人的获利进行评估。只有当权利人的经济损失，或者侵权人的获利超过50万元，才有可能构成刑.事案件。因此，公.安机关在办理商业秘密刑.事案件时，对证据的收集就显得尤其重要。
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